В какой орган следует обращаться для устранения пересечения с землям лесного фонда?

Ответ на вопрос зависит от ситуации. Прежде всего можно ориентироваться на то, из какого источника Вами получены сведения о пересечении принадлежащего Вам земельного участка с лесным фондом. 

Если сведения о границах лесных участков, лесничеств, лесопарков внесены в Единый государственный реестр недвижимости (ЕГРН), о чем Вы узнаете, получив выписку из ЕГРН о Вашем участке (при условии, что он поставлен на кадастровый учет и сведения о его границах имеются в ЕГРН), то устранение такого пересечения может быть произведено в порядке, предусмотренном статьей 60.2 Федерального закона от 13.07.2015 № 218-ФЗ «О государственной регистрации недвижимости», и компетентным органом будет являться орган регистрации прав (Росреестр). 

Если сведения о границах лесных участков, лесничеств, лесопарков в ЕГРН отсутствуют, то с целью устранения противоречия между сведениями ЕГРН и государственного лесного реестра, целесообразно обращаться в орган субъекта Российской Федерации, уполномоченный на ведение государственного лесного реестра.